La seconda fase dei lavori potrebbe essere stata determinata da un evento sismico, con danni soprattutto alla prima campata.

Certo è che ad essa seguì, a completamento, la realizzazione dei freschi sulle pilastrate, con santi francescani per i quali operò un raffinato pittore ben distinto dal livello medio del ciclo cristologico.
     La decorazione pittorica della chiesa si concluse verso la metà del '700 con ulteriori immagini di Santi francescani (San Diego, San Giacomo della Marca, San Giovanni da Capestrano, San Bernardino da Siena, Santa Agnese e Santa Chiara), presentati anch'essi sui pilastri ma a metà busto ed in finte nicchie con vistose conchiglie per calotta, e con schiere di putti angelici addensati nella fronte dell'arco trionfale.

      Manomissioni, alterazioni intervenute nel tempo e perdita di immagini per sovrapposizione di altari e lapidi barocche, nonché di una cantoria, hanno decurtato o distrutto interi brani di affresco, soprattutto nelle pareti laterali, ed una di queste, nella campata centrale, ha perduto completamente l'originaria decorazione, mentre sul lato opposto sopravvivono frammentarie

le Storie di Sant'Antonio Abate, coeve a quelle della Genesi (2) . L'ultimo scempio, purtroppo sulle vele, si è consumato nel 1953 con un pesante intervento strutturale e successive ridipinture di mascheramento, che un recente restauro ha eliminato mettendo a nudo la vastità delle perdite.     La stesura degli affreschi denuncia, quindi, almeno tre successivi interventi di pittori diversi, a prescindere da quello della metà del '700, dovuto al modesto Pietro Di Giampietro da Brienza, attivo sui pilastri e sulla fronte dell'arco trionfale (3) .

     Ripercorrendo a ritroso le fasi ed i tempi di esecuzione inizieremo dalla serie dei santi francescani che, trovandosi sulle pilastrate della navata, dovette essere realizzata dopo il ciclo biblico e quello cristologico.
     E la serie include il brano più prestigioso di tutto il corredo pittorico della chiesa: l'Estasi di San Francesco.Il Santo orante ha lo sguardo fisso al Cristo serafino, che dal cielo a braccia aperte e piedi sovrapposti, come in croce, gli appare tutto infuocato nel turbinio delle ali che lo avvolgono come lingue di fuoco. Il rapimento di Francesco è esaltato dal contrappunto dei gesti, dalla posa instabile e dalla specola del saio che si apre quasi a scatto per evidenziare la piaga del costato.  La scalatura in profondità dello spazio è scandita da Frate Leone che, estraneo all'evento, è tutto irradiato di fervore mentre medita sul breviario aperto sulle ginocchia, e dalla chiesetta della Porziuncola, che si

profila con nitore geometrico nell'ansa di due quinte di rocce di un'arida Verna. La caratura qualitativa del dipinto emerge, tra l'altro, dalla struttura della composizione, bene articolata entro il condizionamento dello spazio disponibile, e dalla naturalezza del trapasso alla quiete dell'estasi dalla prorompente vitalità espressa dall'affondo dei piedi e dalla stazzonatura a terra delle pieghe del saio.